O Moodle proporciona varios niveis de administración:

• A administración do sitio ou aula virtual, permite a xestión dos recursos dentro da aula virtual: configuración do sitio web (logo, contidos da páxina de inicio,...), xestión de cursos da aula virtual, etc. Estas funcións son competencia dos administradores/as da aula virtual.
• A administración dun curso, permite a xestión dos recursos dese curso concreto: xestión dos usuarios matriculados nese curso, a súa configuración, etc. Estas funcións son competencia dos xestores/as e profesores/as do curso.